在弘光朝廷灭亡之后，郑成功在南京国子监的学业也就随之终止了。

当时还叫郑森的他，虽然出生在日本，但是他对中国文化十分向往，郑芝龙在他七岁时把他接回福建培养。

他的母亲是田川氏也是出身武士家族，所以郑森从小就是文武兼备，长大后他热爱读《春秋》、《左传》、《孙子兵法》等书，向往先秦时期的人文风气，认为那时的人做事才是大英雄的风格。

当时清军南下，他认为干一番事业、拯救国家于危难之际的时刻到了。

不久之后他回到了福建，他们郑氏家族于黄道周等人拥立唐王朱聿键在福州登基称帝，年号隆武。

郑森于是决定报效朝廷，向隆武帝讨要任务，并表现自己的才能。隆武帝对他十分赞赏，并说想招为驸马，可惜没有女儿一个，便表达要为他赐姓的意思。

郑森十分愉快的接受了，于是隆武皇帝给他赐国姓朱，改名朱成功，授御营中军都督，从此人们便称他为国姓爷。

奈何隆武帝的帝系血缘非常疏远，所以并没有什么实权，朱成功只得到一些小事情做，隆武帝虽派遣他从事了一些军事活动，但是并没有大的作为。

隆武帝在政策上与实权派郑芝龙相矛盾，隆武帝想要得到认可，就必须做出一番功绩来所以他一心北伐抗清，而郑芝龙只想偏安一隅，守住福建的家族财富势力。

在政策上朱成功与隆武帝一致，对自己父亲的作为不满，所以他向隆武帝表示全力支持，誓死效忠。

1646年三月，隆武帝决意出走江西，朱成功追随左右，但是遭到郑芝龙的阻拦，八月清军南下进攻福建，隆武帝封朱成功为忠孝伯，挂招讨大将军印。

郑芝龙与清廷洪承畴暗中议和，密令守军撤退，只有朱成功坚守抗清，兵败后向南撤退。

当时江西赣州被清军进攻，隆武帝决定亲征，但是不久在汀州兵败身亡，朱成功则继续向南溃退。

之后郑芝龙降清，朱成功力劝不听，还准备携全家一同前往福州投降，朱成功只得在郑鸿逵帮助下逃走。

郑芝龙等人被带到北京，朱成功与大学士路振飞等人会盟，誓师抗清，明确立誓恢复中原。

朱成功受到洪政，陈辉，甘辉，施琅等人的拥护，很快发展壮大起来。